Na počátku husitské revoluce, vlivem vůdčí politiky kolínských Němců, stál Kolín na straně královy dcery Žofie a později císaře Zikmunda. Roku 1421 se však město dobrovolně podrobilo husitským vojskům Pražanů a orebitů, ti zde zničili dominikánský klášter a upálili šest mnichů společně s kolínským farářem Hynkem z Ronova. Protože se protihusitské síly shromažďovaly ve městě i později, oblehl roku 1427 Kolín Prokop Veliký, dobyl jej, Němce vyhnal a ve městě usadil husitskou posádku pod velením Jana Čapka ze Sán. Kolín se tak stal městem husitským a v kostele sv.Bartoloměje byli ustanovováni kněží církve podobojí.

  V polovině třicátých let 15. století převzal velení nad městem hejtman a kněz Bedřich ze Strážnice. Uznal Zikmunda za českého krále a obdržel za to Kolín i s jeho okolím do zástavy. Na místě vypáleného kláštera dominikánů si vystavěl roku 1437 hrad, který nazval Lapis refugii (Kámen útočiště). Brzy však přešel hrad i město do soukromého majetku krále Jiřího z Poděbrad, který je odkázal svým synům. Později se hrad a kolínské panství stalo komorním statkem a panovníci je často zastavovali různým šlechticům. Město si zatím na počátku 16. století vydobylo nazpátek své ztracené postavení svobodného královského města.

  V roce 1547 se Kolínští spolu s ostatními městy a stavy zúčastnili vzpoury proti císaři Ferdinandu I. Po zlomení tohoto odporu byli potrestáni dočasným odnětím všech historických práv a majetku. Jinak však znamenalo šestnácté století pro město období růstu a rozvoje, a to nejen po stránce ekonomické, ale i kulturní. Na konci století zde působila řada význačných českých humanistů, např. Matouš Hosius Vysokomýtský, Mikuláš Aletin, Jan Rocasius Sušický, Jan Pachta z Rájova a jiní.