Doba největší bídy a ponížení nastala v době třicetileté války, kdy byl Kolín ležící na důležitých komunikačních tepnách, téměř nepřetržitě obléhána drancován. Kolínští se tehdy z převážné části hlásili k víře podobojí a po bitvě na Bílé Hoře byli vítězným císařem krutě trestáni. Mnoho rodin muselo z města odejít. Třicetiletá války přivedla Kolín na pokraj záhuby, většina budov zůstala poškozena a počet obyvatel města se snížil skoro o dvě třetiny. K tomu všemu se ještě přidávaly časté požáry.

  Ale ani následné období nepřineslo Kolínu vytoužený klid. Například v letech 1680 a 1713 byl postižen dvěma mohutnými morovými epidemiemi a v letech 1734 a 1796 ho postihly dva katastrofální požáry. 18. června 1757 se v blízkosti města odehrála jedna z nejkrvavějších bitev sedmileté války mezi Rakouskem a Pruskem. V této bitvě byl pruský král Bedřich II. poražen vojsky Marie Terezie, vedenými polním maršálem Leopoldem hrabětem Daunem.

  Město se vzpamatovalo až za vlády císaře Josefa II. Ožila opět řemesla a obchod, usadilo se zde nově mnoho německých řemeslníků, čímž se ale pozměnil ráz města, od patnáctého století již převážně český. V roce 1778 zde byla založena první a také jediná manufaktura (C.k. výsadní závod na předení bavlny).